En buena lógica, la realización de un mercado común basado en la libertad de circulación (de los hombres, servicios, mercancías y capitales), suponía que se coordinaran los sistemas judiciales nacionales para solucionar problemas inherentes a la supresión de las fronteras y al desarollo de los intercambios, tales como, por ejemplo, litigios transfronterizos por incumplimientos de obligaciones contractuales, lucha contra la criminalidad, consecuencias de divorcios entre dos nacionales de países diferentes ... Sin embargo, tal no fué el caso.  

La política europea en materia de justicia y de asuntos de interior (JAI) tiene por objetivo de crear el "espacio de Justicia, libertad y seguridad" que los Tratados primitivos  no contemplaban. Se origina en el Tratado de la Unión Europea (Tratado de Maastricht) que otorgó una competencia a la Unión en este ámbito. Pero, respecto al caracter "delicado" de las materias que abarca, ya que son  estrechamente vinculadas a la soberanía (policía, justicia), las decisiones en el ámbito de la JAI se tomaban por unanimidad de los Estados  y el Consejo era la única institución europea competente. A cabo de los años y a través sucesivas revisiones de los Tratados, la JAI evolucionó hasta convertirse en una política parcialmente comunitaria: en materias como asilo, visados, inmigración y de forma general en cuestiones vinculadas a la libre circulación, la votación  por mayoría cualificada en el Consejo, y  la codecisión han sustituído el método intergubernamental.  

El Tratado de Lisboa -como el Tratado constitutional antes- acaba esta evolución, generalizando el metodo comunitario : artículo 2 §63 y siguientes del Tratado de Lisboa ( título IV, artículos 67 a 89 del TFUE en su versión consolidada). El Tratado amplía también el ámbito de aplicación de la JAI que incorpora la cooperación judicial en materia civil y penal, refuerza los papeles de Europol y Eurojust, y desarrolla la política común de inmigración, en particular, gracias a un sistema integrado de gestión de las fronteras exteriores que se establecerá progresivamente (artículo 77§1). En cuanto a la Fiscalía europea, a menudo mencionada, su creación se supedita a un voto unanimo  del Consejo. Concretamente, la votación por mayoría en el Consejo se aplicará, en particular, al control de las fronteras exteriores de la Unión, al asilo, a la lucha contra la inmigración ilegal y la trata de los seres humanos, a la adopción de normas mínimas "relativas a la definición de las infracciones penales y de las sanciones en ámbitos delictivos que sean de especial gravedad y tengan una dimensión transfronteriza derivada del carácter o de las repercusiones de dichas infracciones o de una necesidad particular de combatirlas según criterios comunes" (por ej:  terrorismo, tráfico de drogas y armas, blanqueo de capitales, explotación sexual de  mujeres y niños, delincuencia informática), a la aprobación de las medidas garantizando la aplicación del principio de reconocimiento mutuo de las sentencias y resoluciones judiciales en materia penal, normas miínimas en materia de procedimiento penal (por p.ej.: pruebas, derechos de las personas en el procedimiento…).

En estos aspectos, el Tratado de Lisboa preserva las innovaciones del Tratado constitucional.

Pero en cierta medida estas innovaciones se acompañan de regresiones, revelando la voluntad de los Estados de seguir “llevando las riendas” en caso de necesidad.

Así pues, en primer lugar, es necesario destacar que el ámbito de aplicación del JAI no escapa a la regla de "Europa a la carta" que permite multiplicar las excepciones (opt out). El Reino Unido se beneficia de  una derogación para no aplicar las disposiciones sobre la cooperación judicial en materia penal y la cooperación policial (gracias a una ampliación del ámbito de aplicación del Protocolo de 1997 sobre la posición del Reino Unido e Irlanda).

Por otra parte, la JAI conserva una especificidad sumarial que limita el alcance de la innovación que constituye el abandono del caracter intergubernamental.

• En primer lugar, aunque la Comisión tenga el el monopolio de la iniciativa legislativa en el proceso de decision comunitario corriente,  en los ámbitos de la cooperación penal y policial (capítulos 4 y 5 del título IV del TFUE en la versión consolidada), la Comisión comparte esta prerogativa con los Estados, con tal que la propuesta sea presentada por un número mínimo de Estados fijado en un cuarto por el artículo 76 del TFUE.

• Además, un sistema de "freno" permite a los Estados de obstaculizar las innovaciones (artículo 82 del TFUE). Un Estado puede, si considera que un proyecto de directiva en materia penal "afecta a aspectos funadamentales de su sistema de justicia penal", solicitar que la cuestión se remita al Consejo europeo. El procedimiento legislativo ordinario se suspende hasta la deliberación del Consejo. Si se alcanza un consenso, el Consejo europeo devuelve el proyecto al Consejo de ministros en un plazo de cuatro meses a partir de la suspensión. En caso de no lograr un consenso, y si al menos nueve Estados quieren establecer una cooperazión reforzada  con arreglo al proyecto examinado, la cooperación reforzada se establece segun un procedimiento accelerado. Esta facilidad compensa, pués, el sistema de "freno", permitiendo a los Estados que lo deseen de llevar a cabo el proyecto.

• Por último, es necesario recordar que merced a la "clausula de pasarela",  un Parlamento nacional podrá oponerse a una decisión del Consejo cuyo objeto sería de aplicar el procedimiento legislativo ordinario en materia de derecho de la familia (tal posibilidad no existía en el Tratado constitucional). lo que no era el caso en el Tratado constitucional. Es de temer que esa disposición dificulte el desarollo de la cooperación en materia civil.