Por lo que se refiere al aspecto institucional, el Tratado de Lisboa da un “rostro” a la PESC por medio del “Alto Representante de la Unión para Asuntos Exteriores y Política de seguridad”. A pesar de la denominación reductora (el Tratado constitucional instituía un “Ministro” de Asuntos Exteriores), la creación del cargo  expresa  la voluntad de establecer un servicio diplomático europeo que procurará buscar y aplicar el consenso en materia de relaciones exteriores bajo la autoridad del Alto Representante (“servicio europeo de acción exterior” compuesto de funcionarios de la Comisión, del Consejo y de los Estados miembros).  El papel más relevante corresponde sin embargo al Consejo Europeo ya que adopta, por unanimidad y tras propuesta previa del Consejo, las decisiones por las que se definen los intereses y los objetivos estratégicos de la Unión europea, o sea las directrices que corresponderá al Consejo de Ministros de detallar.

El Alto Representante de la Unión para Asuntos Exteriores y Política de seguridad sustituye al Alto Representante para la Política Exterior y de Seguridad Común (PESC) y al Comisario europeo encargado de las relaciones exteriores y recoje las dos funciones.

Esta nombrado por el Consejo Europeo por mayoría cualificada y con la aprobación del Presidente de la Comisión. El Consejo Europeo puede poner fin a su mandato por el mismo procedimiento. El Alto Representante preside el Consejo de Ministros de Asuntos Exteriores y puede presentar propuestas de decisiones en materia de PESC al Consejo Europeo y al Consejo de Ministros y vela por la ejecución de las decisiones relativas a la PESC. Representa a la Unión europea, por ejemplo en el Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas, si los miembros permanentes europeos lo piden. Es miembro y Vice Presidente de la Comisión europea, y por consiguiente puede perder su función en caso de censura de la Comisión por el Parlamento Europeo.

En cuanto al funcionamiento y a las competencias, el Tratado de Lisboa confirma el estatuto particular de la PESC. Así pues, cuando la PESC estaba incluída en la tercera parte del Tratado constitucional relativa a las políticas de la Unión, el Tratado de Lisboa le asigna un titulo especifico en el Tratado de la Unión Europea y no en el Tratado sobre el Funcionamiento de la Unión donde se encuentran las otras políticas (artículos 1 §23 y siguientes del Tratado de Lisboa,  21 a 46 del TUE – título V en la versión consolidada de los Tratados).

Esa colocación particular es una manera de recordar el carácter intergubernamental de la PESC, tras  las solicitudes de varios Estados, Francia y el Reino Unido, en particular. Se especifica en el cuerpo del Tratado que la PESC se rige por normas y procedimientos particulares y una declaración adjunta recuerda que las disposiciones relativas a la PESC no conferirán nuevos poderes a la Comisión para tomar la iniciativa de decisiones ni tampoco aumentarán el papel del Parlamento Europeo: Declaración n°14 sobre la Política Exterior y de seguridad común: “Además de las normas y procedimientos específicos a que se hace referencia en el apartado 1 del artículo 24 del Tratado de la Unión Europea, la Conferencia subraya  que las disposiciones referentes a la Política Exterior y de seguridad común, incluído lo relativo al Alto representante de la Unión  para Asuntos Exteriores y  política de seguridad y al servicio europeo de acción exterior, no afectarán a las bases jurídicas, responsabilidades y competencias existentes de cada Estado miembro en relación con la formulación y conducción de su Política Exterior, su servicio diplomático nacional, sus relaciones con terceros países y su participación en organizaciones internacionales, incluida la pertenencia de un Estado miembro al Consejo de Seguridad de Las Naciones Unidas. La Conferencia observa por otro lado que las disposiciones correspondientes a la Política Exterior y de seguridad común no confieren nuevos poderes a la Comisión de tomar la iniciativa de decisiones ni amplian la función del Parlamento Europeo “. Otra Declaración recuerda que las disposiciones relativas a la PESC no afectan a las competencias actuales de los Estados miembros, en cuanto al contenido y a la conducción de su Política Exterior, ni, tampoco, a su representación nacional en los terceros países y en las organizaciones internacionales (mención añadida con el fin de impedir que la Unión europea reivindique la representación de los Estados miembros en el Consejo de Seguridad de la ONU y de garantizar que los Estados que disponen de un escaño lo guardarán). Declaración n°13 sobre la Política Exterior y de seguridad común:  “La Conferencia destaca que las disposiciones del Tratado de la Unión Europea relativas a la Política Exterior y de seguridad común, como la creación del cargo de Alto Representante de la Unión para Asuntos Exteriores y política de seguridad y la creación de un servicio europeo de acción exterior, se entenderán sin perjuicio de las responsabilidades de los Estados miembros, en su estado actual, para la formulación y dirección de su Política Exterior y sin perjuicio de su representación nacional en  terceros países y organizaciones internacionales. La Conferencia recuerda asimismo que las disposiciones por las que se rige la política común de seguridad y defensa se entienden sin menoscabo del carácter específico de la política de seguridad y defensa de los Estados miembros.  Pone de relieve que la Unión Europea y sus Estados miembros seguirrán vinculados por las disposiciones de la Carta de las Naciones Unidas y, en particular, por la responsabilidad principal del Consejo de Seguridad y de sus Estados miembros de mantener la paz y la seguridad internacionales “.

A petición del Reino Unido, el Tratado de Lisboa  precisa que el Tribunal de Justicia de las Comunidades Europeas no es competente par juzgar de litigios relativos a la interpretación o  la aplicación de los decisiones tomadas en el marco de las PESC y Política de defensa. El proposito es claro: se trata de impedir que le Tribunal menoscabe las competencias de los Estados en este ámbito muy vinculado a la soberanía.

El carácter intergubernamental de la PESC influye tambien obviamente sobre el procedimiento de toma de decisión. La iniciativa de una decisión pertenece a los Estados y al Alto Representante. En este ambito, la Comisión Europea pierde su prerrogativa de propuesta legislativa (la coomparte con el Alto Representante). Pero la manifestación más destacada del carácter intergubernamental de la PESC reside en la exigencia de unanimidad para la adopción de las decisiones por el Consejo, aunque sea necesario señalar que existen cuatro excepciones a la norma de la unanimidad. Las tres primeras existen ya en la actualidad : decisiones por las que se define una acción o una posición de la Unión sobre la base de una decisión del Consejo Europeo, aplicación de las acciones o posiciones comunes, nombramientos de representantes especiales. La cuarta era una innovación del Tratado constitucional. Se aplica a las posiciones europeas adoptadas a raíz de una petición del Consejo Europeo.

Por ultimo, la atribución de la personalidad jurídica a la Unión europea que le permitirá celebrar acuerdos internacionales, se acompaña de una nueva Declaración a fin de impedir una interpretación extensiva de las competencias de la Unión. La Declaración precisa, pués, que “el hecho de que la Unión Europea tenga personalidad jurídica no autorizará en modo alguno a la Unión a legislar o actuar más allá de las competencias que los Estados miembros le han atribuido en los Tratados” (declaración 24 relativa a la personalidad jurídica de la Unión europea).

Gracias a estas precauciones demandadas por los Estados a fin de preservar su soberanía, los negociadores del Tratado de Lisboa lograrón mantener  las innovaciones que había aportado el Tratado constitucional en el ámbito de la Defensa.